در حال حاضر باید مسئله موقوفات و انفال را به‌صورت جدی در کنار وجوهات موردتوجه قرارداد و اینکه حوزه بخواهد برای تأمین مخارج اقتصادی خود در فعالیت‌های اقتصادی وارد شود در شأن حوزه‌های علمیه نیست. همچنین تجربه حوزه در این زمینه که در چند سال اخیر در مناطق دوردست صورت گرفته، تجربه چندان موفقی نبوده است و در اثر این اقدام به حیثیت و اعتبار روحانیت لطمه واردشده است.
باید به مبحث احیای موقوفات حوزه‌های علمیه توجه ویژه‌ای صورت گیرد؛ زیرا اگر فرهنگ وقف برای حوزه‌های علمیه احیاء شده و موقوفات وقف‌شده برای حوزه در زمینه اصلاح، نگهداری و برداشت منافع در اختیار خود حوزه‌های علمیه قرار گیرد نه‌تنها برای مخارج اداری حوزه‌های علمیه کافی خواهد بود بلکه پاسخگوی نیازهای معیشتی طلاب نیز خواهد بود و باوجود موقوفات و احیای آن دیگر نیازی به بودجه‌های دولتی و ورود حوزه‌های علمیه به مباحث اقتصادی و صنعتی (که هرکدام عوارض و پیامدهای خاص خود را دارد)، نخواهد بود.
قدم اول برای بهره‌برداری از ثمره موقوفات این است که موقوفات احصاء شود. از چند سال پیش در شورای عالی حوزه‌های علمیه اقداماتی صورت گرفت و یک کمیته برای وقف تشکیل دادند که نمایندگان حوزه‌های علمیه و نمایندگان سازمان اوقاف در آن حضور داشتند؛ اما این اقدامات کافی به نظر نمی‌رسد و با یک اقدام و همکاری هماهنگ و میدانی از سوی مدارس و حوزه‌های علمیه در استان‌های مختلف با سازمان اوقاف می‌توان موقوفات را در مناطق مختلف را شناسایی کرد و این اقدامات همان‌طور که بیان شد قدم اول است. در قدم دوم، باید تولی و تولیت موقوفاتی که امکان واگذاری آن‌ها به حوزه‌های علمیه وجود دارد و مربوط به حوزه‌های علمیه هستند، در اختیار حوزه‌های علمیه قرار داده شوند و حوزه اداره و تقویت این موقوفات را به عهده بگیرد. این قدم بزرگی است که اگر انجام شود مردم متوجه می‌شوند که هیئت‌امنا و مدیران حوزه‌های علمیه و مدارس علمیه به دلیل اشتغال به مدیریت حوزه‌های علمیه بهتر می‌توانند در امر بهره‌وری موقوفات اهتمام داشته باشند. در مرحله سوم برای تأمین منابع مالی موردنیاز حوزه‌های علمیه و تأمین معیشت طلاب باید در کنار اداره و ارتقای بهره‌وری موقوفات مربوط به حوزه‌های علمیه فرهنگ وقف برای حوزه‌های علمیه به‌صورت گسترده در میان مردم ترویج شود تا در پناه گسترش فرهنگ وقف برای حوزه‌های علمیه بتوان هزینه‌های جاری و مخارج معیشت طلاب را تأمین کرد.
هنگامی‌که طلبه‌ای در حوزه‌های علمیه برداران جذب می‌شود در حقیقت آن طلبه بورسیه حوزه‌های علمیه شده بنابراین باید به مسئله معیشت طلبه به‌عنوان یک مسئله جدی توجه شود.
اگر پرداخت شهریه به‌صورت تجمیع شده صورت گیرد، دغدغه طلاب کمتر شده، زمان صرف شده کمتر می‌شود و طبیعتاً حرمت طلاب نیز بیش از گذشته حفظ خواهد شد.
دغدغه معیشت طلاب باید به‌عنوان یک فاکتور مهم موردتوجه قرار گیرد؛ زیرا طلبه‌ای که دغدغه و درد معیشت دارد و مسؤولیت اداره زندگی یک خانواده را بر عهده دارد، شرایط شهریه‌ای او اجازه نمی‌دهد که با شرایط فعلی جامعه گذران زندگی کند و دغدغه معیشت و مسکن او اجازه نمی‌دهد با فراغ خاطر اقدام به پژوهش کند؛ در حال حاضر دریافتی یک طلبه از یک کارگر هم کمتر بوده و حدود شهریه یک طلبه متأهل در سطوح عالی حوزه بیشتر از 500 هزار تومان نیست و همین موضوع موجب شده که طلاب برای تأمین مخارج زندگی در کنار امر تحصیل مجبور به انجام کارهای حاشیه‌ای نیز باشند که اگر شهریه آن‌ها پاسخگوی معیشت زندگی آن‌ها بود مجبور به انجام چنین کاری نبوده و می‌توانستند وقت خود را صرف امر پژوهش کنند.
البته تنها این نیست که اگر معیشت طلاب درست شد پژوهش حالت جهشی پیدا خواهد کرد، بخش اصلی کار ایجاد یک انگیزه قوی در طلاب است که باید نسبت به مسائل و آسیب‌هایی که جهان تشیع و جهان اسلام را تهدید می‌کند متوجه شوند و نسبت به پاسخگویی شبهات و تولید علم احساس مسئولیت کرده و نظام‌مند باشند و قدم دیگر برای تحول بخش پژوهش در حوزه‌های علمیه این است که طلاب با سطوح مختلف پژوهش اعم از مقدماتی، متوسط و پیشرفته آشنا باشند و بتوانند اقدام به پژوهش میدانی کنند.
هدفمندی در عرصه تأمین چرخ معیشت طلاب از دیگر اقداماتی است که باید در حوزه‌های علمیه صورت گیرد؛ یعنی اگر حوزه‌های علمیه بتوانند چرخ معیشت زندگی طلاب را فراهم کنند، باید طلاب نخبه و فرهیخته در عرصه تولید علم و در عرصه تبلیغ را شناسایی کرده و نیازهای آن‌ها را به‌صورت ویژه تأمین کنند.
اینکه طلبه تا چه زمانی شهریه دریافت کند و یا به طلبه شهریه پرداخت شود باید طلبه را نه به انگیزه شهریه بلکه به انگیزه خدمت به امام زمان (عج) و سربازی امام عصر (ع) در عرصه‌های مختلف تربیت کرد و اگر بتوانیم این یقین را در طلبه ایجاد کنیم که پا جای پای اهل‌بیت (ع) و انبیاء و اوصیای رسول خدا (ص) گذاشته است، انگیزه طلبه برای فعالیت‌های مختلف تا مادام‌العمر مهیا می‌شود بنابراین طلبه تکلیف ایفای نقش در عرصه‌های مختلف را به‌عنوان یک روحانی تا آخر عمر رسالت خود می‌داند.
90 در صد از طلاب نوعاً شهریه‌هایی را که دریافت می‌کنند کفاف هزینه‌های عمومی زندگی آن‌ها را نمی‌دهد و طلبه نمی‌تواند با این شهریه خرج خوراک، پوشاک و مسکن خود را تأمین کند و شهریه برای گذران زندگی عادی کافی نیست و این ساده زیستی و قناعت سند افتخار و حریت حوزه‌های علمیه است. در عین اینکه طلاب در اوج محرومیت و مظلومیت هستند ولی متأسفانه عموم مردم تصور می‌کنند، زندگی طلاب تأمین بوده و همه نیازهای آن‌ها برآورده می‌شود.
دعوت طلاب به سیره سلف توصیه مناسبی نیست؛ زیرا طلاب حال حاضر با کمترین امکانات کنار آمده و زندگی می‌کنند و راهکار برطرف کردن مشکلات معیشتی طلاب، احیای موقوفات و احصاء دوباره موقوفات مربوط به حوزه‌های علمیه و ترویج فرهنگ وقف برای حوزه‌های علمیه است.